- 原北京医科大学有1989年经国家审批的重点学科11个：
- 生理学
- 病理学
- 生物物理学
- 组织学
- 儿科学
- 外科学
- 口腔医学
- 生药学
- 运动医学
- 妇产科学
- 麻醉学
- 2001年教育部重新评审国家级重点学科，北京大学医学部共有20个学科点被评为高等学校重点学科, 比原来有了很大进步，在全国医学院校中继续高居榜首。20个全国高校重点学科：
- 免疫学
- 病理学与病理生理学
- 神经生物学
- 药理学
- 药物化学
- 生药学
- 流行病与卫生统计学
- 生理学*
- 细胞生物学*
- 生物化学与分子生物学*
- 儿科学
- 口腔临床医学
- 精神病与精神卫生学
- 皮肤病与性病学
- 运动医学
- 眼科学
- 内科学(心血管、血液)
- 肿瘤学
- 妇产科学
- 外科学(骨外、泌尿外)
*与北京大学生命科学院联合申报
20个重点学科申报的成功，为医学部“十五”“211工程”的立项打下了坚实基础。
- 2007年8月，学校收到《教育部关于公布国家重点学科名单的通知》教研函[2007]4号文件。经过重点学科评估、增补、一级学科认定三个阶段工作，本文件公布的国家重点学科名单中与医学部相关的情况如下：
一级学科共3个：
二级学科12个：
- 免疫学
- 病理学与病理生理学
- 内科学
- 儿科学
- 精神病与精神卫生学
- 皮肤病与性病学
- 外科学
- 妇产科学
- 眼科学
- 肿瘤学
- 运动医学
- 流行病与卫生统计学
- 2008年北京市教育委员会公布北京市重点学科名单（京教研[2008]4号文件），北京大学医学部共有4个学科被认定为北京市重点学科：
一级学科北京市重点学科
1001 基础医学
二级学科北京市重点学科
100201 内科学(传染病)
100210 外科学(普外)
100404 儿少卫生与妇幼保健学 |
